أنشئت وكالة الجامعة للدراسات العليا والبحث العلمي بتاريخ 1/1/1431هـ وهي تشكل إحدى الركائز الأساسية في الجامعة ، حيث تعمل الوكالة على إنشاء مراكز أبحاث جديدة ، وذلك للارتقاء بالأبحاث العلمية والدخول في شراكات بحثية مع قطاعات خارج الجامعة ، والمساهمة في إيجاد الحلول العلمية للمشاكل التي تعترض خطط التنمية في البلاد ، وذلك من خلال التواصل مع الخبراء في كثير من المجالات العلمية المختلفة ، وأيضا إنشاء العديد من كراسي البحث العلمي ، وعقد العديد من الاتفاقيات العلمية مع جامعات مرموقة وجهات متخصصة داخل وخارج المملكة ، كذلك العمل علي رعاية شئون المعيدين والمحاضرين بالجامعة ، والإشراف على المبتعثين ومتابعة أوضاعهم الدراسية وتذليل الصعوبات التي تواجههم . وبالإضافة إلى ذلك تنجز الوكالة أعمال المجلس العلمي وما يناط به من مهام تختص بأعضاء هيئة التدريس بالجامعة ، فيما يخص التعيين والترقيات والنشر العلمي وغيره من المهام واللجان ، والتي تسهم بشكل كبير وفعال في تسيير وتطوير أعمال الجامعة.